Le conseil municipal de Bonneuil est composé de 33 membres élus au suffrage universel, selon la méthode de la représentation proportionnelle et pour une durée de 6 ans.

Lors de la première réunion qui suit les élections, les conseillers procèdent à la désignation du maire et de ses adjoints au nombre de 8 actuellement.

Le conseil municipal gère de manière autonome "les affaires de sa compétence", qui relèvent de domaines variés ayant un point commun : l’intérêt local. Il vote le budget qui est principalement alimenté par la fiscalité locale. Le conseil fixe les taux des principaux impôts locaux ( taxe d’habitation, taxe professionnelle, taxe foncière )

Urbanisme, services techniques, enfance, petite enfance, logement, aide sociale, vie économique, animations sportives et culturelles entre autres font partie des compétences de la commune, qui représente aussi l’État pour certaines formalités administratives (état-civil, élections, recensement…).

Le conseil municipal met en place des commissions municipales composées de conseillers. Elles sont chargées de préparer et examiner les dossiers qui sont ensuite présentés au conseil municipal.

Le conseil municipal délègue une partie de ses compétences au Maire dans le but d’accélérer les procédures et la prise de décision. Le maire rend compte des décisions qu’il a ainsi prises  lors de chaque séance de conseil.
Par ailleurs, le maire délègue à chaque adjoint une partie de ses compétences dans des secteurs définis pour chaque adjoint.

Les réunions de travail du maire et de ses adjoints sont appelées bureau municipal. Au cours de ses séances, les élus discutent notamment des projets qui seront soumis au vote du conseil municipal.